山下税理士事務所

「輸出売上がある会社は、消費税が戻ってくる」。貿易や越境ECを始めたばかりの経営者の方から、本当かと聞かれることがよくあります。結論から言えば本当です。ただし、誰でも自動的に戻ってくるわけではなく、対象になる会社とならない会社があり、税務署の確認を通すための準備も必要です。

この記事では、還付が起きる仕組みを数字で確認したうえで、対象になる会社の条件、経理処理の注意点、そろえておく書類を順に説明します。2023年10月のインボイス制度開始や、2026年10月に施行される輸出証明書類の改正など、この数年で実務が変わった点も反映しています。

1. 消費税の納税額はどう計算されるか

消費税の申告で納める金額は、次の算式で決まります。

売上で預かった消費税 − 仕入・経費で支払った消費税 ＝ 納める消費税

税抜1億円の売上がある会社であれば、お客様から1,000万円の消費税を預かっています。一方で、その売上を上げるために支払った仕入や家賃などの経費にも消費税が含まれています。経費が税抜6,000万円なら、支払った消費税は600万円です。納めるのはこの差額です。

やました君

「売上1億円なら1,000万円を納める」と思っている経営者の方は、今でも少なくありません。実際に納めるのは差額の400万円です。会社の数字は税抜で見る習慣をつけると、この関係が自然に頭に入ります。

2. 消費税の計算はどんなときにマイナスになるのか

還付とは、上の算式の答えがマイナスになる状態です。支払った消費税のほうが、預かった消費税より多いということです。実務でこれが起きるのは、主に次の3つの場面です。

1. 大幅な赤字。売上より経費が多ければ、支払った消費税のほうが多くなります。
2. 大きな設備投資。工場や建物、機械を買った年は、投資額が年間売上を上回ることがあります。
3. 輸出売上がある。輸出売上には消費税がかからないため、国内で支払った消費税がそのまま残ります。

①と②は一時的なものです。③の輸出だけは、事業を続ける限り毎年、構造的に還付が発生します。輸出をしている会社が消費税の還付を意識すべき理由はここにあります。

3. 輸出売上がある会社では、いくら還付されるのか

輸出取引は消費税法7条により「輸出免税」とされています。売上に消費税を上乗せしない、税率0%と同じ扱いです。それでいて、その商品を国内で仕入れたときに支払った消費税は、通常どおり差し引くことができます。

次の会社を例に計算してみます。売上はすべて輸出、仕入と経費はすべて国内で発生しているものとします。

• 輸出売上　3億円
• 国内仕入　1億円
• 家賃などの経費　5,000万円

売上3億円の会社で、1,500万円が戻ってきます。資金繰りへの影響は小さくありません。この例は分かりやすくするため輸出100%にしていますが、国内売上が混ざっていても、輸出の比率が高ければ還付になることは珍しくありません。

国税庁No.6551 輸出取引の免税

4. どんな会社が還付を受けられないのか

計算上はマイナスになっても、次のいずれかに当てはまる会社は還付を受けられません。

免税事業者と簡易課税については、それぞれ別の記事で詳しく説明しています。

5. 経理は税抜と税込のどちらにすべきか

帳簿のつけ方には税抜処理と税込処理があり、どちらを選んでも会社の利益は変わりません。ただし、還付がある会社は税抜処理をおすすめします。理由は2つあります。

ひとつは、還付の見込額が帳簿で常に見えることです。税抜処理では「仮払消費税」と「仮受消費税」という科目を使うため、その差額がそのまま還付見込額になります。

もうひとつは、税込処理だと還付金が入金時に「雑収入」として利益に計上されることです。支払ったときに経費、戻ってきたときに収益となるため、決算期をまたぐと利益が不自然に膨らんで見え、法人税の見込みも立てにくくなります。

6. 税務署の確認では、どんな書類を求められるのか

還付申告には「消費税の還付申告に関する明細書」の添付が義務づけられています。加えて、初めて還付申告をした会社には、ほぼ例外なく税務署から書類提出の依頼があります。国が税金を戻す以上、不正還付がないかを確認するためです。次の書類をすぐ出せる状態にしておいてください。

• 輸出許可書。通関業者に任せている場合でも、控えは自社で保管します。
• 郵便・EMSで20万円以下の輸出は、日本郵便の引受けを証する書類と発送伝票の控えが必要です。2021年10月以降、帳簿の記載だけでは認められません。
• 国内仕入の適格請求書（インボイス）。輸出売上しかない会社に売上側のインボイス交付義務はありませんが、仕入側で消費税を差し引くには適格請求書の保存が要件です。
• 輸入仕入の輸入許可通知書。輸入消費税はインボイスではなく、この書類と帳簿で控除します。
• 2026年10月1日以後の輸出取引で、代金を現金等で受け取ったものは、上記に加えて輸入国側の輸入許可書等の保存が必要になります。現金決済が多い小口輸出や個人輸出は、決済方法から見直す必要があります。

国税庁消費税の還付申告に関する明細書 記載例（法人用）

やました君

還付額が100万円を超えるようであれば、明細書に加えて、会計ソフトから出した勘定科目の明細と、大きな設備投資があればその請求書を最初から申告書に添付しておくと、税務署からの問い合わせはかなり減ります。毎年還付がある会社なら、2年目以降は連絡が来ないことがほとんどです。

7. この数年で、輸出還付のルールは何が変わったのか

消費税の不正還付は国税庁の査察でも重点項目になっており、還付の要件は年々厳しくなっています。輸出還付を受ける会社に関係する主な変更を時系列で整理します。

• 2023年10月　インボイス制度開始。仕入側で消費税を差し引くには適格請求書の保存が必要になりました。免税事業者からの仕入は経過措置による部分控除のみです。
• 2024年4月　金・白金地金の規制。年間200万円以上仕入れると、3年間は免税事業者にも簡易課税にも戻れなくなりました。地金を使った不正還付への対策です。
• 2026年10月　現金受領の輸出取引。輸出証明として、輸入国側の輸入許可書等の保存が追加されます。
• 2026年11月　免税店のリファンド方式。外国人旅行者向けの免税販売は、いったん税込で販売し出国時に返金する方式に変わります。これは輸出物品販売場の制度であり、この記事の輸出免税とは別の仕組みですが、「免税」という言葉で混同されやすいので触れておきます。

財務省令和8年度税制改正の大綱（消費課税）

8. まとめ

• 消費税は「預かった分 − 支払った分」を納める。輸出売上は預かる分がゼロのため、計算がマイナスになり還付が生じる。
• 免税事業者、簡易課税、2割特例では還付を受けられない。届出のタイミングで結果が変わる。
• 経理は税抜処理にして、還付見込額を帳簿で管理する。
• 輸出許可書、郵便の引受証明、仕入のインボイス、輸入許可通知書をそろえる。2026年10月以降は現金受領分に輸入国の許可書等も加わる。
• 過去の申告で還付を受け損ねていても、5年以内なら「更正の請求」で取り戻せる。

＜注記＞この記事は、中小企業の経営者や経理担当者の方に向けて、制度の全体像を分かりやすく説明することを目的としています。細部の要件は省略している箇所があります。個別の判断については、顧問税理士または当事務所にご相談ください。記載内容は2026年9月時点の法令等に基づいています。